Для начала узнаем установлен ли на компьютере пакет unattended-upgrades, не буду вдаваться в подробности как это сделать, используйте для этого любую программу управления пакетами (dpkg, apt-get, aptitude, synaptic или даже packagesearch), если не установлен — установим, если установлен, то в консоли или терминале вводим:

dpkg-reconfigure unattended-upgrades

отвечаем утвердительно на один единственный вопрос

сделать обновления автоматическими или нет. После чего обновления с официальных репозиториев должны будут происходить в фоновом режиме с параметрами по-умолчанию. Эти самые параметры хранятся в файлах:

/etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades

и

/etc/apt/apt.conf.d/10periodic

в принципе там всё прозрачно. Если хотите чтобы вам на электронную почту приходили письма об конфликтах в ходе обновления то должен быть установлен пакет bsd-mailx и в файле настроек

/etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades

должен быть раскоментирован и отредактирован пункт

Unattended-Upgrade::Mail